Chồng bà, Malcolm III và con trai cả Edward của họ bị giết trong trận Alnwick chống lại quân Anh vào ngày 13 tháng 11 năm 1093. Con trai thứ của bà là Edgar được giao nhiệm vụ thông báo cho mẹ về cái chết của họ. Margaret qua đời vào ngày 16 tháng 11 năm 1093, ba ngày sau cái chết của chồng và con trai cả khi chưa được 50 tuổi. Nguyên nhân cái chết của bà được cho là đau buồn. Bà được chôn cất trước bàn thờ cao trong Tu viện Dunfermline ở Fife, Scotland. Năm 1250, năm bà được phong thánh, thi hài của bà và của chồng bà được khai quật và đặt trong một ngôi đền mới trong Tu viện. Năm 1560, Mary, nữ vương Scotland đã di dời phần đầu thi thể của Margaret đến Lâu đài Edinburgh như một bùa hộ để giúp Mary sinh con. Năm 1597, phần đầu thi thể Margaret được đặt tại Dòng Tên tại Đại học Scots, Douai, Pháp, nhưng đã bị thất lạc trong cuộc Cách mạng Pháp. Vua Philip của Tây Ban Nha đã chuyển những hài cốt khác, gồm có cả của Margaret và Malcolm III đến cung điện Escorial ở Madrid, Tây Ban Nha, nhưng vị trí hiện tại của họ ở đâu vẫn chưa phát hiện được.[11]